Отделение хирургии печени и желчевыводящих путей было организовано в сентябре 1985 года. Долгие годы данное структурное подразделение возглавлял Вячеслав Викторович Оленин, «Заслуженный врач Российской Федерации». При нём в отделении, впервые в республике, внедрялись новые виды оперативных вмешательств, такие как панкреатодуоденальная резекция, реконструктивные операции на желчевыводящих путях.

Сегодня отделение возглавляет «Заслуженный врач Российской Федерации» Валентин Ворончихин. Ежегодно специалисты проводят более 700 операций, из них более 130 составляют высокотехнологичные вмешательства. За годы существования хирургического отделения его сотрудниками накоплен большой опыт в анатомии, диагностике, хирургической тактике и лечении при основных заболеваниях гепатопанкреатобилиарной системы. Хирурги Республиканской больницы осуществляют широкий спектр высокотехнологичных вмешательств при таких заболеваниях, как хронический панкреатит, киста поджелудочной железы и т.д. В таких случаях медицинские специалисты проводят микрохирургические, расширенные, комбинированные и реконструктивно-пластические операции на поджелудочной железе, в том числе лапароскопически ассистированные. Кроме того, хирурги осуществляют микрохирургические и реконструктивно-пластические операции на печени, желчных протоках и сосудах печени, в том числе эндоваскулярные операции на сосудах печени и реконструктивные операции на сосудах системы воротной вены, стентирование внутри- и внепеченочных желчных протоков.

Показателями высокой квалификации специалистов по хирургии является осуществление таких сложнейших операций, как правосторонняя и левосторонняя расширенные гемигепатэктомии, радикальные операции при опухоли Клатскина, реконструктивные операции в виде различных прецизионных билиодигестивных анастомозов с учетом уровня стриктуры, расширенные панкреатодуоденальные резекции с лимфаденэктомией и многие другие вмешательства.